A 24 de março de 1994, através do Decreto nº 4.374, do Governo do Estado de Santa Catarina, foi criado o Batalhão de Operações Especiais - BOE, extinguindo-se a Companhia de Choque, transformando-a em Companhia de Operações Especiais, e unindo-a à Cavalaria e ao Canil, dando corpo ao novo BOE, que foi instalado no aquartelamento já existente e que pertencia ao Esquadrão de Polícia Montada, às margens da BR-101, município de São José.
No ano de 2005, o BOE foi desmembrado, separando-se aquelas três unidades, que passaram a constituir organizações policiais militares (OPMs) autônomas.
Em 25 de outubro de 2005, através da Portaria n° 501, da mesma data, foi criado o BATALHÃO DE OPERAÇÕES POLICIAIS ESPECIAIS - BOPE, que absorveu o efetivo existente na COE - Companhia de Operações Especiais do antigo BOE, subordinando, técnica e doutrinariamente, todos os Pelotões de Policiamento Tático - PPTs, em atividade no Estado. O BOPE instalou-se na Rua Farroupilha, nº 840, também no município de São José, no prédio que abrigava anteriormente a Secretaria de Estado do Desenvolvimento Regional da Grande Florianópolis, onde permanece até hoje, fruto de um convênio celebrado entre o Governo do Estado, através de sua Secretaria de Estado da Segurança Pública e Defesa do Cidadão, a Polícia Militar do Estado de Santa Catarina e o Município de São José.
O Batalhão de Operações Policiais Especiais da Polícia Militar do Estado de Santa Catarina, embora sediado na cidade de São José, tem como área de atuação todo o Estado de Santa Catarina, sendo seu primeiro e atual comandante o Ten Cel VALDEMIR CABRAL; possui um efetivo de 120 Policiais Militares altamente treinados e qualificados; constitui-se em tropa de pronto emprego e força de reação imediata do Comando Geral, com todas as suas frações, para emprego em todo o território catarinense, devendo estar em permanentes condições de adestramento e preparada para atuar preventiva e/ou repressivamente, isolada ou em conjunto com outras forças, em locais onde ocorra ou haja incidência de ocorrências que se situem além da capacidade de ação das Unidades Operacionais da PMSC e que justifiquem a utilização de tropa especializada, armada, equipada e especialmente treinada.
O BOPE, desde sua primária célula, a Companhia de Choque, tem se destacado em todo o território catarinense pela atuação em várias ocorrências em que demonstrou sua capacidade, coragem, alto nível profissional e, acima de tudo, a preservação da vida e a aplicação da Lei, tendo sido agraciado, neste ano, de 2006, com a Medalha Anita Garibaldi, comenda que simboliza a bravura catarinense, e que é outorgada pelo Governo do Estado de Santa Catarina, a pessoas físicas e jurídicas, nacionais e estrangeiras, que tenham se distinguido nas suas atividades e contribuído para o engrandecimento do Estado.
O BOPE tem como lema de vida e inspiração de seus integrantes, em sua árdua luta diária contra a criminalidade, em prol de uma sociedade mais justa e perfeita, o seguinte:
"NÃO PERGUNTE SE SOMOS CAPAZES, DÊ-NOS A MISSÃO."